• 海上幕僚長
• 海上幕僚副長
• 総務部
• 人事教育部
• 防衛部
• 指揮通信情報部
• 装備部
• 技術部
• 監察官
• 主席法務官
• 首席会計監査官
• 首席衛生官

• 護衛艦隊（Fleet Escort Force）
  • 護衛隊群（Escort Flotilla）
    • 護衛隊（Escort Division）
  • 海上訓練指導隊群（Fleet Training Command）
    • 海上訓練指導隊（Fleet Training Group）
• 航空集団（Fleet Air Force）
  • 航空群（FIeet Air Wing）
    • 航空隊
    • 整備補給隊
    • 航空基地隊
• 潜水艦隊（Fleet Submarine Force）
  • 潜水隊群（Submarine Flotilla）
    • 潜水隊（Submarine Division）
    • 潜水艦基地隊（Submarine Base）
• （自衛艦隊直下隊群）
  • 掃海隊群（Minesweeper Flotilla）
    • 掃海隊（Minesweeper Division）
  • 情報業務群（Fleet Intelligence Command）
    • 情報支援隊
  • 海洋業務群（Oceanographic Command）
    • 対潜資料隊
  • 開発隊群（Fleet Research and Development Command）
    • 開発隊

■護衛艦を中心に編成される自衛艦隊の中核となる艦隊。
■護衛艦「さわかぜ」（DDG170）が現在の護衛艦隊旗艦(第４代)となっている。
■護衛艦隊は、4個護衛隊群（群司令は海将補）が有事に備えている。
■護衛隊群は、「八八艦隊」といわれ、護衛艦８隻とヘリコプター８機が基本。
■イージス護衛艦の「こんごう型護衛艦」は、各護衛隊群に１隻づつ配備。
　第２護衛隊群に「護衛艦こんごう（DDG173）」
　第１護衛隊群に「護衛艦きりしま（DDG174）」
　第３護衛隊群に「護衛艦みょうこう（DDG175）」
　第４護衛隊群に「護衛艦ちょうかい（DDG176）」
■「あたご型護衛艦」の「護衛艦あたご（DDG177）」は第３護衛隊群に配備。
■平成18年4月に補給艦５隻による「第１海上補給隊」（横須賀）が編成。
■第１輸送隊は、自衛艦隊直轄から護衛艦隊直轄へ編成。

• 護衛艦隊司令部
• 第1護衛隊群(横須賀基地長浦地区）
• 第2護衛隊群(佐世保基地）
• 第3護衛隊群(舞鶴基地）
• 第4護衛隊群(呉基地）
• 海上訓練指導隊群
  • 海上訓練指導隊群司令部
  • 横須賀海上訓練指導隊（横須賀基地新井地区）
  • 呉海上訓練指導隊（呉基地）
  • 佐世保海上訓練指導隊（佐世保基地干尽地区）
  • 舞鶴海上訓練指導隊（舞鶴基地）
  • 大湊海上訓練指導隊（大湊基地）
  • 誘導武器教育訓練隊
• 第1輸送隊
• 第1海上補給隊
• 護衛艦隊直轄艦艇
  • 訓練支援艦ATS4202くろべ
  • 訓練支援艦ATS4203てんりゅう

• 直轄艦
  • DDH143しらね

• 第1護衛隊（横須賀基地）
  • DD101むらさめ
  • DD102はるさめ
  • DD107いかづち

• 第5護衛隊（横須賀基地）
  • DD110たかなみ
  • DD111おおなみ

• 第61護衛隊（横須賀基地）
  • DDG171はたかぜ
  • DDG174きりしま

• 直轄艦
  • DDH144くらま

• 第2護衛隊（佐世保基地）
  • DD103ゆうだち
  • DD112まきなみ
  • DD157さわぎり

• 第6護衛隊（佐世保基地）
  • DD104きりさめ
  • DD109ありあけ

• 第62護衛隊（佐世保基地）
  • DDG172しまかぜ
  • DDG173こんごう

• 直轄艦
  • DDH141はるな　

• 第3護衛隊（舞鶴基地）　
  • DD114すずなみ
  • DD154あまぎり　

• 第7護衛隊（大湊基地）
  • DD153ゆうぎり
  • DD155はまぎり　
  • DD156せとぎり　

• 第63護衛隊（舞鶴基地）
  • DDG175みょうこう　
  • DDG177あたご

• 直轄艦
  • DDH142ひえい　

• 第4護衛隊（呉基地）　
  • DD105いなづま
  • DD106さみだれ　
  • DD108あけぼの

• 第8護衛隊（呉基地）
  • DD113さざなみ
  • DD158うみぎり　　

• 第64護衛隊（佐世保基地）
  • DDG169あさかぜ　
  • DDG176ちょうかい

• 海上訓練指導隊司令
• 副長
  • 総務科
  • 指導部
    • 訓練科
    • 砲雷科
    • 船務航海科
    • 機関科
    • 対潜戦術科（横須賀・佐世保海上訓練指導隊のみ）
  • 編集室（横須賀海上訓練指導隊のみ）

• 横須賀海上訓練指導隊（新井）
• 呉海上訓練指導隊（呉）
• 佐世保海上訓練指導隊（干尽）
• 舞鶴海上訓練指導隊（舞鶴）
• 大湊海上訓練指導隊（大湊）
• 誘導武器教育訓練隊（船越）
  • 護衛艦等に配備された誘導武器や戦闘指揮システム等の教育訓練、地方隊のミサイル艇隊等の訓練協力、および必要な調査・研究等を行う。

■輸送艦３隻、第1エアクッション艇隊からなる護衛艦隊直轄輸送艦部隊。
■自衛艦隊直轄だったが、平成１８年(2006)４月から護衛艦隊隷下に編成された。
■各輸送艦に２艇ずつ搭載されているエアクッション艇１号型（LCACとよばれるホバークラフト）は、装載艇とされていた、平成１８年４月自衛艦として認められた。同時に新設された第1エアクッション艇隊の所属となる。
■第１輸送隊は、カンボジアへの海上輸送任務、クウェートへの陸上自衛隊派遣隊の輸送任務、海外派遣任務が多い。

• 司令

• 輸送艦
  • LST4001おおすみ
  • LST4002しもきた
  • LST4003くにさき

• 第1エアクッション艇隊
  • LCAC2101エアクッション艇1号
  • LCAC2102エアクッション艇2号
  • LCAC2103エアクッション艇3号
  • LCAC2104エアクッション艇4号
  • LCAC2105エアクッション艇5号
  • LCAC2106エアクッション艇6号

• 司令

• 補給艦
  • AOE422とわだ
  • AOE423ときわ
  • AOE424はまな
  • AOE425ましゅう
  • AOE426おうみ